Программа lr: Скачать Adobe Photoshop Lightroom | Редактирование и систематизация фотографий

Северный флот. Программа «10 лет альбому TODD»

«TODD» — последнее творение Михаила Горшенёва и музыкантов «Король и Шут». Двойной альбом группы, объединённый общей историей о цирюльнике Суинни Тодде, вышедший в 2011 и 2012 годах. Тогда же был задуман масштабный концертный тур в поддержку этого альбома. Но плотная работа над одноимённой театральной постановкой, в основу которой лёг альбом, внесла свои коррективы, а затем произошли печальные события 2013 года. Тур группы «Король и Шут» так и не состоялся, а грандиозное музыкальное произведение было представлено слушателям только на театральной сцене. Все эти годы рок-мюзикл «TODD» с успехом шёл на театральных площадках Москвы и Санкт-Петербурга, возглавив список лучших музыкальных событий столиц. Но Михаил всегда мечтал о глобальной концертной премьере, полностью раскрывающей музыкальный потенциал его работы. И вот, спустя 10 лет с момента выхода пластинки, желание автора исполнится! На сцену выйдут музыканты группы «Король и Шут» — те самые люди, которые были с Михаилом до конца и вместе трудились над его последними композициями, а впоследствии объединились в группу «Северный Флот». В программу войдут все лучшие песни с двух альбомов «TODD», исполненные музыкантами в оригинальном звучании, как они и были задуманы, при участии специальных гостей — вокалистов. Одним из основных вокалистов в туре станет Александр Леонтьев, лидер группы «Северный Флот», музыкант и бэк-вокалист группы «Король и Шут». Также для тура будет создан тематический видеоряд, сопровождающий каждую композицию на мультимедийном экране за спинами музыкантов. Также для тура будет создан тематический видеоряд, сопровождающий каждую композицию на мультимедийном экране за спинами музыкантов. И впервые за много лет мы услышим не только фирменный саунд культовой группы, но и голос Михаила Горшенёва! Оригинальные звуковые дорожки будут специально отреставрированы для этого тура и будут использованы в ключевых песнях альбома «TODD», что делает этот тур уникальным. Музыканты группы «Северный Флот» уже начали работу над подготовкой этого сложного проекта. Безусловно, вас ожидает полновесное концертное рок-шоу с мощнейшим звуком, отличным светом и неповторимой атмосферой! В нем не обойдется сюрпризов на бис и любимых хитов. Главными будут, конечно же, музыка и голос, которые пускай на время, но вернут нас во времена, по которым мы так тоскуем!

Афиша на выходные в Твери: 19 и 20 февраля

Спортивная драма «Одиннадцать молчаливых мужчин», музыкально-литературный вечер «А.С. Пушкин. Метель», лекция «Символы моды. Fast food, fast money и fast fashion», выставка «… в преКРАСНОМ…», игра «Сельская ярмарка»: об этих и других событиях выходных в обзоре от Тverigrad.ru.

Концерты, цирк и выходные в Горсаду

Городской сад: 19 февраля в 14:00 на площадке возле ТИЦ пройдёт детская анимационная программа «Живопись на снегу». 20 февраля в 14:00 — анимационная программа «Зимние забавы». (0+)

Филармония: 19 февраля в 17:00 с программой «Романтический вечер» выступят лауреаты международных конкурсов — органистка Анна Суслова и арфистка Нина Куприянова. 20 февраля в 12:00 «Не медли, друг прекрасный…» лауреаты международных конкурсов выступят с произведениями композиторов-романтиков: Шуберта, Шумана, Мендельсона, Брамса. В 18:00 музыканты филармонии представят музыкально-литературную встречу «А.С. Пушкин. Метель» с приглашённым чтецом — актёром Виталием Гогунским. (6+)

«Язык – есть исповедь народа»: 20 февраля в ДК «Пролетарка» состоится праздничная программа, посвященная Международному Дню родного языка, где выступят коллективы дворца культуры. В фойе для гостей будет развернута выставка «Народы Мира». Начало в 12:00, вход свободный. (6+)

ДК «Химволокно»: 19 февраля в 14:00 состоится праздничный концерт, посвященный дню рождения муниципального духового оркестра под управлением Павла Смирнова. 20 февраля в 12:00 приглашаем пройдёт концертная программа вокального ансамбля «Росинки». Вход свободный. (6+)

Тверской цирк: все выходные идут представления «Жираф-шоу». Герои большинства номеров — животные Африки, Индии и Мадагаскара: верблюды, обезьянки, золотые и белые бенгальские тигры, белый лев. Звезда программы — единственный в России дрессированный жираф Багир. (0+)

Творческие встречи

Центр современной культуры «Рельсы»: 19 февраля в 14:00 научный редактор в научном отделе Музея «Гараж» Ильмира Болотян выступит с лекцией «Перформансы российских художниц». В 17:00 популяризатор кино Сергей Коровашков приглашает на встречу «Кино в поисках зрителя. Тенденции 21 века». 20 февраля в 14:00 искусствовед, эксперт и семиотик моды и искусства Полина Уханова прочитает лекцию «Символы моды. Fast food, fast money и fast fashion». (16+) В 19:00 пройдёт встреча «Английский в автомобиле: How To Learn English In Your Car» с экспертом в области методики преподавания английского языка Валерием Холоденко. (12+)

Выставочный центр на Советской: здесь сразу две новые экспозиции. В малом зале открылась выставка работ Армена Бабаева «Притяжение земли», где представлены произведения в техниках гобелен, батик, а также графические изображения. (0+) В лекционном зале заработал выставочный проект «Мужество и форма», организованный Тверским областным отделением Союза художников России. (12+)

«Как мы чувствуем вкус»: 20 февраля в 13:00 лекторий «Живое слово» и проект «Наука на вырост» приглашает в частную школу «Игрек». Биолог Екатерина Бурухина расскажет, как мы распознаём вкусы, как обмануть мозг и сделать обычные продукты вкуснее. Также ожидается викторина и дегустация. (6+)

Фотосушка: 19 февраля в Молодежном центре пройдёт фотовыставка, а также мастер-класс о технических аспектах съемки и выборе техники. Начало в 16:00, вход свободный. (12+)

Императорский дворец: в выставочном зале оранжереи открылась выставка одного из самых ярких и самобытных живописцев и графиков Твери Константина Фёдорова. Проект «… в преКРАСНОМ…» иллюстрирует живопись, графику и мозаику. (0+)

Детский музейный центр: 19 февраля в 12:00 пройдёт мастер-класс по набойке на ткани. 20 февраля в 13:30 состоится занятие студии теневого театра «Королевство теней» по молдавской сказке «Фэт Фрумос, драконы и Солнце». В 15:00 пройдёт презентация авторской настольной игры «Сельская ярмарка». (6+)

Неделя книги: все выходные в Горьковке проходит выставка «Тверская книга – 2021» и масса событий. Ожидаются презентации книг, встречи с авторами и творческий вечер. (6+)

Кинопремьеры

«Одиннадцать молчаливых мужчин»: спортивная драма от Алексея Пиманова о британском турне московского «Динамо» в 1945 году. Английская футбольная ассоциация пригласила чемпиона СССР сыграть несколько товарищеских матчей с британскими клубами. Прозвище «Одиннадцать молчаливых мужчин в синих пальто» дала гостям английская пресса после общения в аэропорту, поскольку советские игроки не умели давать интервью. (12+)

«Однажды в пустыне»: военная драма о двух сапёрах, которые готовили в 2016 году к разминированию захваченной боевиками территорию в Сирии. Их главная задача — спасти от разрушения Пальмиру, а вместе с ней и древнейшие памятники цивилизации. (12+)

«Жажда золота»: австралийский триллер о человечестве, которое в далёком будущем борется за выживание в условиях крайней нехватки ресурсов. Двое попутчиков находят в опасной зоне залежи золота. Один отправляется за техникой, а другой остаётся охранять находку. Ему нужно продержаться всего три дня, но это оказывается очень тяжёлой задачей. (16+)

«Пиноккио. Правдивая история»: российский мультфильм о знаменитом мальчике Пиноккио. В основе экранизации лежит оригинальная сказки итальянского писателя Карло Коллоди. (6+)

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter.

19 апреля в ДК им. Ленина состоялась концертная программа, посвященная Дню местного самоуправления

Местное самоуправление — это все, кому небезразлична судьба Тавдинского края. Посредством самоуправления граждане реализуют право на участие в решении вопросов местного значения, отстаивают интересы своего города, села, поселка. Ведь именно мы сами и никто другой заинтересованы в том, чтобы сделать окружающую нас жизнь лучше, чтобы в наших городах и поселках было комфортно и приятно жить, в наших домах было тепло и уютно, а в наших дворах всегда было чисто и безопасно.

19 апреля в ДК им. Ленина состоялась концертная программа, посвященная празднованию Дня местного самоуправления, одного из самых народных и демократичных праздников в России, учрежденного Указом Президента РФ в июне 2012 года с целью повышения роли и значения института местного самоуправления, развития демократии и гражданского общества. 

В холле дома культуры прибывающих гостей встречали звуки инструментальной музыки в исполнении духового оркестра. При входе в концертный зал зрители могли ознакомиться с фотовыставкой, посвященной 25-летию Думы Тавдинского городского округа, Книгой Почета Тавдинского городского округа, Книгой Почета муниципальных служащих органов местного самоуправления Тавдинского городского округа и Муниципальной книгой Почетных граждан г.Тавда.

Концертная программа началась с просмотра фильма об истории местного самоуправления Тавдинского городского округа. Затем с поздравительной речью выступил Глава округа В.В. Лачимов и председатель Думы округа Д.П. Нохрин. Виктор Владимирович отметил важность участия каждого гражданина в судьбе нашего города и округа, ведь от каждого из нас, от нашего труда, инициативы и гражданской ответственности зависит настоящее и будущее Тавды. В этот день четверым гражданам были вручены свидетельства о занесении имен и фамилий в Книгу Почета Тавдинского городского округа.

Поздравить жителей округа с этим замечательным праздником приехал депутат Законодательного Собрания Свердловской области А.В. Коркин, также отметивший особо отличившихся в местном самоуправлении Тавдинцев благодарственными письмами.

По завершении официальной части талантливые артисты нашего города и округа порадовали гостей центра культуры хорошо поставленными, отточенными номерами. Зал взрывался восторженными аплодисментами.

Основная учебная программа | Университет Ленуар-Райн

Основная учебная программа Университета Ленуар-Райн представляет собой инновационное, всестороннее и гибкое введение в гуманитарные науки и науки и является общей основой образования Ленуар-Райн. Он разработан вокруг способов познания мира, больших вопросов, как вечных, так и текущих, и роста здорового, рефлексивного и ясно формулирующего себя.

Ядро состоит из трех основных частей:

1. «Первый год обучения» — это актуальный годичный курс, который знакомит студентов с работой на уровне колледжа, социальной и культурной жизнью колледжа и мировоззрением колледжа.
Фонды
2. сосредотачиваются на основных навыках, более широком культурном и межличностном понимании, а также на христианской точке зрения.
3. Курсы гуманитарных и естественных наук (гуманитарные науки, человеческое общество и поведение, мир природы и изящные искусства) построены на способах познания как внутри, так и между традиционными дисциплинами.Студенты проходят вводные курсы во всех этих областях, а затем два интенсивных семинара более высокого уровня. Студенты завершают презентацию на одном из семинаров.

Основные компоненты учебной программы

• Первый год обучения
• Базовые курсы
• Курсы гуманитарных и естественных наук (уровень 1)
• Семинары по гуманитарным и естественным наукам (уровень 2)
• Основной проект Capstone
• Глобальное обучение
• Подготовка к карьере/переходу

LR Ветры | Студенческая программа Usher

The Little Rock Winds гордятся тем, что имеют хорошие отношения со школьными группами в Арканзасе.На каждом мастер-классе и рождественском концерте ученики старшей школы выступают в роли приставов, приветствуя наших покровителей, распространяя программы и управляя дверьми. Они привносят юношескую энергию в каждое выступление и играют большую роль в успехе выступлений и общем концертном опыте для нашей публики.

Программы оркестров старших классов приглашаются для участия в наших концертах, приглашая 4-6 учеников оркестра в качестве ашеров. Эта возможность обеспечивает доступ к программе школьной группы, включает биографию группы в программу концерта и позволяет учащимся насладиться концертом LR Winds и принять в нем участие.Это отличный способ продвижения замечательных групповых программ в Арканзасе.

Преимущества

• Возможность послушать музыку группы в профессиональном исполнении
• Продвижение программы школьной группы
• Опора для LR Winds

Конечно же, на концерты LR Winds приглашаются все студенты, вход для студентов БЕСПЛАТНЫЙ!

Станьте волонтером сегодня!

Свяжитесь с Джоном Пратером, координатором Usher

Выражаем благодарность этим программам школьных оркестров за предоставленных ассистентов на концерты LR Winds:

• Группа школы изобилия жизни, Шервуд
• Школа математики и естественных наук Арканзаса, Хот-Спрингс
• Музыкальный отдел ASU-Beebe.
• Группа средней школы Бентона
• Группа академии первокурсников Кэбота
• Оркестр средней школы Кабота
• Оркестр средней школы Карлайла
• Оркестр католической средней школы, Литл-Рок
• Христианский школьный оркестр Центрального Арканзаса, Литл-Рок
• Программа школьного оркестра Джексонвилля
• Группа средней школы Джо Т. Робинсона, Литл-Рок
• Группа средней школы Джона Л. Макклеллана, Литл-Рок
• LISA Academy North Advanced Band, Литл-Рок
• Оркестр средней школы Малверна
• Оркестр средней школы Университета Миллса, Литл-Рок
• Магнитная школа искусств и наук Parkview, Литл-Рок
• Школьные оркестры Перривилля
• Оркестр средней школы Прескотта
• Оркестр средней школы Шеридан
• Оркестр государственных школ Штутгарта
• Группа средней школы Sylvan Hills
• UA-Little Rock Music Dept.

Планирование устойчивости программ здравоохранения по месту жительства: концептуальные основы и будущие направления исследований, практики и политики

Внимание к устойчивости программ медицинского вмешательства как в США, так и за рубежом возрастает, но существует мало консенсуса относительно концептуального и оперативного определения устойчивости. Более того, база эмпирических знаний о детерминантах устойчивости все еще находится на ранней стадии.Планирование устойчивости требует, во-первых, четкого понимания концепции устойчивости и операционных показателей, которые можно использовать для мониторинга устойчивости с течением времени. Важные категории индикаторов включают: (1) сохранение преимуществ для здоровья, достигнутых в рамках первоначальной программы, (2) уровень институционализации программы в рамках организации и (3) меры по наращиванию потенциала в сообществе-получателе. Во-вторых, планирование устойчивости требует использования программных подходов и стратегий, способствующих долгосрочному поддержанию программы.Мы предполагаем, что потенциальное влияние на устойчивость может исходить от трех основных групп факторов: (1) факторы дизайна и реализации проекта, (2) факторы в рамках организационной среды и (3) факторы в более широкой среде сообщества. Будущие усилия по разработке устойчивых программ вмешательства в области здравоохранения в сообществах могут основываться на концепциях и стратегиях, предложенных здесь.

Картинка в картинке: Многие общественные программы здравоохранения, реализуемые в развивающихся странах по всему миру, прекращают свое существование вскоре после окончания первоначального финансирования.В последние годы внимание к устойчивости программ медицинского вмешательства в США и за рубежом возросло, поскольку политики и спонсоры все больше озабочены эффективным и действенным распределением ограниченных ресурсов. Однако нет единого мнения относительно концептуального и оперативного определения устойчивости. Планирование устойчивости программы требует четкого понимания концепции устойчивости и оперативных показателей, которые можно использовать для мониторинга устойчивости с течением времени, а также использования программных подходов и стратегий, способствующих долгосрочному поддержанию программы.Потенциальное влияние на устойчивость может исходить от следующих факторов: факторы дизайна и реализации проекта, факторы организационной среды и факторы более широкой среды сообщества.

MEGAN-LR: новые алгоритмы обеспечивают точную группировку и простое интерактивное исследование метагеномных длинных ридов и контигов | Biology Direct

Таксономическое объединение длинных чтений

Наивный алгоритм LCA (наименьший общий предок) широко используется для объединения коротких чтений в узлы заданной таксономии (например, таксономии NCBI) на основе выравниваний [5].Рассмотрим чтение r со значительными выравниваниями a ₁ ,…, a _k к эталонным последовательностям, связанным с таксонами t ₁ ,…, t _k . Наивный LCA присваивает r самому низкому таксономическому узлу, который лежит над набором всех узлов, представляющих t ₁ ,…, t _k .Набор из 90 125 значимых 90 126 выравниваний определяется как состоящий из тех выравниваний, оценка которых близка к наилучшей оценке, полученной для данного чтения, определяемой, скажем, как те, которые имеют битовую оценку, лежащую в пределах 10% от наилучшей битовой оценки.

Наивный алгоритм LCA быстр, прост в реализации, а результаты легко интерпретировать. Применительно к выравниванию белков неявное предположение алгоритма состоит в том, что любое чтение выравнивается только с одним геном, и поэтому все связанные таксоны «конкурируют» за один и тот же ген; это оправдывает приведенное выше определение значимых выравниваний.В то время как чтения длиной всего в несколько сотен пар оснований обычно удовлетворяют этому предположению, более длинные чтения или собранные контиги часто перекрываются с более чем одним геном, и поэтому наивный алгоритм для них не подходит.

Чтобы сделать наивный алгоритм применимым к выравниванию белков в длинном прочтении или контиге r , простая идея состоит в том, чтобы сначала определить «консервативные гены» как области вдоль чтения, где накапливаются выравнивания. Второй шаг заключается в применении наивного LCA к каждому из этих регионов в отдельности.Размещение чтения окончательно определяется с использованием LCA всех этих основанных на генах LCA. Здесь есть две проблемы. Во-первых, из-за того, что выравнивание белков вокруг одного и того же местоположения может иметь совершенно разную длину, определение границ разных «консервативных генов» на практике может быть затруднено. Во-вторых, поскольку большая часть генов в длинном прочтении или контиге может быть консервативна в разной степени в разных таксономических группах, размещение прочтений часто будет в высокоуровневом (или «неспецифическом») таксоне.

Чтобы решить эти проблемы, мы представляем новый таксономический биннинг для длинных чтений, который мы называем алгоритмом LCA интервального объединения . Этот алгоритм обрабатывает каждое чтение r по очереди, в два этапа. Сначала чтение разбивается на набор интервалов v ₁ ,…, v _m , которые обладают тем свойством, что каждое выравнивание, связанное с r , начинается и заканчивается в начале или в конце некоторого интервала соответственно.Другими словами, новый интервал начинается везде, где начинается или заканчивается какое-либо выравнивание. Мы говорим, что выравнивание a _i является значимым на интервале v _j , если его битовая оценка находится в пределах 10% (по умолчанию) от наилучшей битовой оценки для любого выравнивания, которое охватывает v _j . В МЕГАН-ЛР этот порог называется параметром topPercent.

На втором этапе для каждого таксона t , связанного с любым из выравниваний, пусть I ( t ) обозначает объединение всех интервалов, для которых существует некоторое значимое выравнивание a _i связан с таксоном t . При обратном обходе для каждого таксономического узла более высокого ранга s мы вычисляем I ( s ) как объединение интервалов, покрываемых потомками s .В результате каждый узел таксономии помечен набором интервалов. Обратите внимание, что при вычислении объединения наборов интервалов мы объединяем любые перекрывающиеся интервалы в один интервал.

Чтение r затем помещается в таксон s , который обладает тем свойством, что его набор интервалов I ( s ) покрывает 80% (по умолчанию) общей выровненной или покрытой части чтения , в то время как ни один из его дочерних элементов не имеет (см. рис. 1). В МЕГАН-ЛР этот порог именуется параметром percentToCover.Обратите внимание, что возможно наличие нескольких узлов, обладающих этим свойством, и в этом случае чтение назначается LCA всех таких узлов.

Чтобы проиллюстрировать алгоритм LCA интервального объединения, здесь мы показываем восемь гипотетических видов A , B ,…, H , разделенных на два рода, P и Q , , то же семейство R . Выравнивания от чтения r к белкам, связанным с видами, обозначены стрелками справа и охватывают от 80% (для A ) до 20% (для H ) выровненного чтения.С помощью стрелок слева изображаем множества интервалов, вычисленные для узлов P , Q , R как объединение множеств интервалов потомков каждого узла. Каждый из узлов R и P покрывает 100 % выровненного чтения. Чтение r помещается на A , поскольку это самый низкий таксономический узел с покрытием ≥ 80 % . Обратите внимание, что если A покрывает только 60% выровненного чтения, то чтение будет отнесено к более высокому таксону P (и это останется в силе, даже если один из таксонов ниже Q имел 60% покрытие). )

Функциональное объединение длинных чтений и аннотации

Функциональное объединение коротких чтений обычно выполняется путем присвоения каждому чтению класса в системе функциональной классификации, такой как InterPro [19], eggNOG [20] или KEGG [21], на основе его выравнивания .

Часто это делается с помощью простой стратегии наилучшего попадания , как показано ниже. Для короткого считывания r пусть a обозначает наивысшее выравнивание r с эталонным белком, для которого известен функциональный класс c . Присвоить r функциональному классу c . Например, c может быть семейством InterPro или кластером eggNOG. При краткосрочном анализе каждое чтение относится не более чем к одному классу в любой заданной функциональной классификации.Многие чтения остаются неклассифицированными, потому что все эталонные белки, с которыми они выравниваются, не классифицированы.

Длинный рид может содержать несколько генов, и для каждого гена может быть много выравниваний с участием разных таксонов. Чтобы избежать избыточности в функциональных назначениях при обработке выравниваний между длинным чтением и разными таксонами, мы рассматриваем «доминирование» отдельных выравниваний (как определено ниже).

Пусть r будет длинным чтением, и пусть a ₁ ,…, a _k представляет собой набор выравниваний ДНК и белков от r до подходящих референсных последовательностей белков.Обратите внимание, что этот набор часто будет включать выравнивание между прочитанным и одним и тем же гомологом в разных таксонах.

Чтобы уменьшить количество избыточных функциональных классов, связанных с r , мы вводим следующую концепцию. Мы говорим, что выравнивание a _i доминирует над выравниванием a _j , если (1) a _i покрывает более 50% чтения, которое покрывается a _j , (2) если битовая оценка a _i больше, чем a _j и (3) оба выравнивания лежат на одной цепи r .Необязательно также может потребоваться, чтобы таксономическая идентичность каждой рассматриваемой референсной последовательности белка была совместима с таксономической ячейкой, присвоенной прочтению r .

Набор функциональных классов, связанных с длинным чтением r , затем задается функциональными классами, связанными с теми выравниваниями r , над которыми не доминирует какое-либо другое выравнивание r . Каждое чтение может быть привязано ко всем связанным с ним функциональным классам.Более того, набор связанных классов можно использовать для обеспечения простой функциональной аннотации чтения или контига.

Чтобы использовать это последнее, мы предоставляем диалоговое окно для экспорта таксономических и функциональных аннотаций в формат GFF3. Его можно применять к любому выбору узлов таксономической или функциональной классификации или к набору выбранных чтений в новом инспекторе длинных чтений , который более подробно описан ниже. Пользователь выбирает классификацию, а затем каждое выравнивание по эталонной последовательности, связанной с этой классификацией, экспортируется как элемент CDS.По умолчанию экспортируются только те трассы, над которыми не доминирует другая трасса. Кроме того, пользователь может решить экспортировать только те элементы, для которых таксон, связанный с соответствующей эталонной последовательностью, совместим с таксоном, назначенным для чтения.

Отчет о подсчетах

При таксономическом или функциональном бинировании коротких ридов обычно достаточно указать количество ридов, присвоенных конкретному классификационному узлу, потому что все риды имеют очень схожую длину, и все выравнивания имеют почти такую ​​же длину, как и читает.Для длинных чтений или контигов длина и охват выравнивания могут сильно различаться. Более того, количество прочтений, содержащихся в контиге, или покрытие контига, является дополнительным фактором, который необходимо учитывать. Чтобы решить эту проблему, в MEGAN-LR каждый узел может быть помечен одним из следующих способов:

1. 1.

   количество назначенных операций чтения,

2. 2.

   общая длина всех назначенных операций чтения,

3. 3.

   общее количество выровненных оснований всех назначенных чтений, или

4. 4.

   в случае контигов — общее количество чтений, содержащихся во всех назначенных контигах.

Для длинных чтений по умолчанию MEGAN–LR сообщает (3) количество выровненных оснований, а не (2), поскольку это снижает вес любых длинных участков невыровненной последовательности. Кроме того, мы используем это значение для определения минимальной поддержки, необходимой для сообщения о таксоне. По умолчанию о таксоне сообщается только в том случае, если он получил не менее 0,05 % всех выровненных оснований. В МЕГАН-ЛР это называется параметром minSupport.Если количество выровненных оснований, присвоенных таксону t , не достигает этого порога, то присвоенные основания перемещаются вверх по таксономии до тех пор, пока не будет достигнут таксон, имеющий достаточное количество выровненных оснований для сообщения.

Выравнивание длинных ридов

В этой статье мы сосредоточимся на таксономическом и функциональном объединении длинных ридов с использованием выравнивания ДНК и белков. Современные технологии секвенирования с длинным чтением (Oxford Nanopore и PacBio) демонстрируют высокий уровень ошибочных вставок и делеций [11, 12].Следовательно, такие программы, как BLASTX [22], не подходят для такого чтения, поскольку они не могут обрабатывать сдвиги кадров.

Программа LAST [23, 24] использует алгоритм, учитывающий сдвиг рамки, для выравнивания ДНК с белками и производит длинные выравнивания белков при длинных чтениях, даже при наличии большого количества сдвигов рамки. Первоначальная индексация базы данных NCBI–nr (содержащей более 100 миллионов последовательностей) с помощью LAST занимает на сервере более одного дня. Однако после завершения сопоставление операций чтения с базой данных NCBI-nr с использованием индекса происходит быстро; согласование операций чтения Nanopore занимает примерно один час на гигабазу на сервере.

Программа DIAMOND [25] широко используется в анализе микробиома для вычисления выравнивания коротких метагеномных прочтений с эталонной базой данных белков, такой как NCBI-nr. В настоящее время разрабатывается новый режим выравнивания с учетом сдвига кадров, и в будущем DIAMOND предоставит альтернативу LAST.

Анализ длительного считывания

LAST выдает выходные данные в простом текстовом формате множественного выравнивания (MAF). Из соображений производительности LAST обрабатывает все запросы и все эталонные последовательности пакетами, а сопоставления, связанные с данным запросом, выводятся не последовательно, а пакетами.

Кроме того, размер файла MAF часто бывает очень большим, и последующая сортировка и разбор выравниваний может занимать много времени. Чтобы решить эти проблемы, мы внедрили новую программу под названием «MAF2DAA», которая принимает формат MAF в качестве входных данных либо в виде файла, либо напрямую из LAST, и создает файл DAA («Diamond Alignment Archive») в качестве вывода [25]. Программа обрабатывает входные данные по частям, сначала фильтруя и сжимая каждую порцию данных на лету, а затем чередуя и фильтруя результаты в один файл DAA, который содержит все операции чтения с соответствующими им выравниваниями.Во время фильтрации MAF2DAA удаляет все выравнивания, в которых 90 125 сильно преобладают над 90 126 каким-либо другим выравниванием, чтобы уменьшить большое количество избыточных выравниваний.

Более подробно, для данного чтения r мы говорим, что выравнивание a из r сильно доминирует над выравниванием b для r

(если оно покрывает большую часть по умолчанию требуется покрытие 90 %), и если его разрядность значительно больше (по умолчанию требуется 0.9 × битрейт (

  если ConditionPassed(cond), то
  LR = адрес инструкции после инструкции ветвления
  ПК = ПК + (SignExtend(signed_immed_24) << 2)
  

  бл один
один_рет:
  

  один:
  

  ...
бл два
два_рета:
  

  два:
бх л
  

  two_ret:
бх л
  

  ...
бл один
один_рет:
...
один:
 нажать {r4,lr}
 бл два:
два_рета:
 поп {r4,lr}
 бх л
два:
 бх л
  

  один:
 push {r4,lr} save lr, указывающий на one_ret в стеке
 ...
 pop {r4,lr} восстановить lr, чтобы он указывал на one_ret
 bx lr перейти к one_ret
  

  один:
нажать {r4,lr}
...
поп {r4, шт.}
  

  .тип два,% функция
.глобл два
два:
  

  бл два
...
два:
  

  бл two_from_thumb
...
два:
...
two_from_thumb:
БХ два
...